Kemungkinan terjadinya gejala sisa ensefalopati hipoksia-iskemik neonatal adalah sekitar 20-30 persen, dan prognosisnya terkait dengan skor Apgar dan tingkat keparahan penyakit. Insiden ensefalopati hipoksia-iskemik neonatal di Cina adalah 3 sampai 6 per seribu, di mana 15 sampai 20 persen di antaranya meninggal pada periode neonatal. Di antara mereka yang selamat, sekitar 20%~30% mungkin mengalami berbagai tingkat gejala sisa neurologis, seperti gangguan perkembangan motorik atau intelektual, cerebral palsy, epilepsi, dan sebagainya. Prognosis terkait dengan skor Apgar, tingkat keparahan penyakit, dan apakah resusitasi benar dan tepat waktu, dll. Orang yang selamat dengan skor Apgar kurang dari atau sama dengan 3 dan bertahan selama 15 menit atau lebih, kejang-kejang, penurunan kesadaran, gejala batang otak yang berlangsung lebih dari seminggu, dan kelainan yang menetap pada EEG memiliki tingkat kematian yang tinggi, dan orang yang selamat sering kali menderita berbagai tingkat gejala sisa. Rehabilitasi dini dianjurkan setelah stabilisasi.