Tuberkulosis ginjal itu sendiri tidak menular, karena jalur utama penularannya adalah melalui tetesan udara. Jenis utama infeksi pada ginjal itu sendiri adalah primer dan sekunder. Kasus primer jarang terjadi, terjadi di daerah dengan epidemi tuberkulosis yang parah, dan terutama disebabkan oleh penularan tuberkulosis paru lain yang menyebabkan infeksi pertama dengan basil tuberkel yang menyebabkan tuberkulosis ginjal. Tuberkulosis ginjal sekunder berkembang sebagai akibat dari infeksi tuberkulosis eksogen yang diikuti oleh infeksi ulang endogen, yang merupakan sumber utama tuberkulosis sekunder. Ketika tubuh pertama kali terinfeksi basil, tubuh tidak memiliki kekebalan spesifik dan basil dapat menyebar secara perlahan dan tidak terbatas ke seluruh tubuh. Basil menjajah berbagai jaringan dan organ, termasuk ginjal, membentuk fokus laten, dan pada sebagian besar kasus, basil tetap laten seumur hidup tanpa menimbulkan penyakit. Pada beberapa kasus, ketika daya tahan tubuh menurun, dikombinasikan dengan malnutrisi, anemia, trauma, diabetes dan kondisi lainnya, TB laten berkembang biak dan menyebabkan perkembangan TB ginjal. Tuberkulosis biasanya membentuk ruang terbatas di dalam ginjal, yang mengakibatkan reaksi jaringan lokal yang kuat, nekrosis kaseosa dan rongga, dan bahkan dapat menyerang dari satu ginjal ke ginjal yang lain, tetapi tidak menular, meskipun dapat diekskresikan dalam urin.