Cara yang paling efektif untuk mengobati dan mencegah trombosis septik adalah dengan mengobati dan mencegahnya berdasarkan patogenesis sepsis, namun sayangnya patogenesis trombosis septik masih belum sepenuhnya dipahami. Dalam hal ini, upaya pencegahan harus dilakukan di semua aspek praktik klinis untuk mengatasi patogenesis, dan upaya untuk mengurangi faktor risiko yang menjadi predisposisi infeksi memainkan peran penting dalam pengobatan dan pencegahan trombosis septik. Nutrisi enteral yang dini dan agresif, modulasi metabolik dan kekebalan tubuh yang ditingkatkan, serta perlindungan dan dukungan fungsi multi-organ yang ditingkatkan merupakan alat penting dalam pencegahan dan pengobatan trombosis septik. Pemberian makanan gastrointestinal dini dapat secara efektif mempertahankan fungsi penghalang mukosa usus, menyediakan protein dan kalori yang cukup, meningkatkan keseimbangan nitrogen positif, mengurangi reaksi hipermetabolik, meningkatkan imunitas tubuh, dan mencegah serta mengurangi terjadinya infeksi sistemik. Pemantauan output urin untuk memastikan perfusi ginjal, alkalinisasi urin dan diuresis yang tepat dapat melindungi fungsi ginjal. Untuk beberapa pasien dengan kreatinin darah dan nitrogen urea yang sangat tinggi dan indikasi yang jelas untuk dialisis, hemofiltrasi dini dan terapi penggantian ginjal dapat diberikan untuk mengganggu perkembangan MOF pada tahap awal.