Kelangsungan hidup setelah transplantasi sel punca hematopoietik sangat erat kaitannya dengan penyakit utama pasien, jenis transplantasi, dan kondisinya. Saat ini terdapat dua jenis utama transplantasi sel punca hematopoietik dalam praktik klinis, yaitu transplantasi sel punca hematopoietik autologus dan transplantasi sel punca hematopoietik alogenik. Pada kasus mieloma multipel atau limfoma, HSCT autologus dapat dilakukan dan kelangsungan hidup pasien akan diperpanjang secara signifikan setelah transplantasi. Namun, pasien dengan mieloma multipel biasanya memiliki kelangsungan hidup yang sangat buruk, yaitu lebih dari 20 tahun, meskipun mereka menjalani HSCT. Sebaliknya, beberapa pasien limfoma yang menjalani HSCT autologus dapat mencapai kesembuhan dan memiliki kelangsungan hidup yang sama dengan orang normal. Selain itu, transplantasi sel punca hematopoietik alogenik umumnya lebih efektif, dan beberapa pasien dengan leukemia akut dapat disembuhkan sepenuhnya dengan metode ini dan bertahan hidup selama orang normal. Namun, beberapa pasien, karena alasan mereka sendiri, akan kambuh sekitar tiga tahun setelah transplantasi, dan kelangsungan hidup setelah kambuh jarang melebihi enam bulan. Pasien disarankan untuk melakukan pemeriksaan rutin setelah HSCT dan memperhatikan bagian dada dan ekstremitas mereka setiap hari untuk mengetahui apakah ada ruam, bercak perdarahan, pembengkakan kelenjar getah bening, dll. Jika timbul demam, diare, ruam, atau bahkan sesak napas, mereka harus segera kembali ke departemen hematologi.