Protein urin dengan tiga tanda plus tidak selalu berarti nefritis. Protein urin dapat dilihat pada glomerulonefritis kronis, glomerulonefritis akut dan penyakit ginjal lainnya, tetapi juga pada infeksi saluran kemih. Selain infeksi saluran kemih, protein urin juga dapat dimanifestasikan sebagai darah gaib urin dan leukosit urin positif. Secara klinis, mungkin ada gejala frekuensi, urgensi, nyeri saat buang air kecil atau menggigil, demam, nyeri perut bagian bawah dan nyeri di daerah ginjal unilateral atau bilateral, yang lebih baik untuk diagnosis banding. Selain infeksi saluran kemih, protein urin juga dapat dilihat pada penyakit sistemik tertentu seperti multiple myeloma, diabetes mellitus dan systemic lupus erythematosus, yang semuanya dapat menyebabkan kerusakan ginjal dan dengan demikian menghasilkan protein urin.