Dispepsia fungsional pada bayi biasanya ditandai dengan nafsu makan yang buruk, asupan makanan yang berkurang, muntah, mual, muntah dan perut kembung. Saat bayi tumbuh dan berkembang, gangguan pencernaan yang berkepanjangan dan status gizi yang buruk juga dapat menyebabkan indikator perkembangan seperti tinggi dan berat badan yang tidak mencapai standar normal, bayi yang kurus dan tidur yang gelisah.