Biasanya tidak dapat diobati sebagai kondisi bawaan, kelainan kromosom Y dengan mikrodelesi dapat mempengaruhi kesuburan pria. Delesi kromosom Y A, B dan C yang umum secara klinis dapat mempengaruhi fungsi saraf testis, yang menyebabkan azoospermia atau oligospermia berat, yang pada gilirannya mempengaruhi kesuburan pria normal, tetapi tidak berpengaruh pada kesehatan pria lainnya atau fungsi seksual. Untuk pasien dengan persyaratan kesuburan, IVF atau metode reproduksi berbantuan lainnya diperlukan untuk mendapatkan keturunan. Jika pasien memiliki mikrodelesi kromosom Y yang mengakibatkan azoospermia, ini akan memerlukan prosedur pembedahan untuk menemukan sperma dan kemudian IVF. Dalam kasus delesi kromosom Y A dan B, kemungkinan menemukan sperma rendah dan pembedahan tidak dianjurkan, dalam hal ini keturunan dapat diperoleh melalui donor bank sperma. Pada kasus delesi kromosom Y daerah C, sperma dapat ditemukan dengan cara pengambilan sperma mikro testis. Biasanya untuk mikrodelesi kromosom Y, pengobatan tidak dianjurkan karena tidak efektif dan tidak dapat digunakan untuk mengubah delesi kromosom dan juga untuk meningkatkan fungsi saraf testis.