Serokonversi HBeAg telah lama dianggap sebagai titik akhir terapi yang bermakna secara klinis, tetapi kemungkinannya masih diperdebatkan dengan akumulasi bukti dari studi klinis. Sebuah studi tindak lanjut terhadap pasien dengan serokonversi HBeAg spontan menemukan bahwa 33% pasien mengalami eksaserbasi CHB, dengan onset sirosis kumulatif yang lebih awal dan proporsi yang lebih besar dari pasien yang mengalami pembalikan HBeAg; untuk pasien yang mengalami eksaserbasi CHB dan tetap HBeAg-negatif, beberapa HBVDNA berada di atas batas atas tingkat deteksi. Sebuah studi pada pasien Asia menemukan bahwa sebagian besar komplikasi terkait sirosis dan karsinoma hepatoseluler terjadi atau terus memburuk setelah serokonversi HBeAg. Hal ini menunjukkan bahwa serokonversi spontan tidak berarti bahwa perkembangan penyakit telah berhenti. Jadi, apakah situasinya akan berbeda dalam kasus hilangnya HBeAg yang diinduksi oleh pengobatan atau serokonversi? Beberapa studi klinis seperti IFN dan interferon polietilen glikol, LVD/ADV/ETV telah mengonfirmasi bahwa sekitar 70% pasien HBeAg-positif mencapai serokonversi HBeAg dengan pengobatan jangka pendek (2 tahun). Selain itu, serokonversi HBeAg yang diinduksi oleh pengobatan membawa risiko kekambuhan hepatitis. Misalnya, dalam penelitian di Asia, para sarjana Korea melaporkan bahwa tingkat kekambuhan serokonversi HBeAg setelah pengobatan LVD adalah 52% pada satu tahun, dan 55,7% pada dua tahun; sementara itu, para sarjana Taiwan melaporkan bahwa tingkat kekambuhan pada 48 minggu adalah 45,4%, dan tingkat kekambuhan pada 72 minggu adalah 56,3%; para sarjana India Para peneliti di India melaporkan tingkat kekambuhan selama 6 bulan sebesar 35%. Kekambuhan hepatitis ini perlu menerima pengobatan anti-virus hepatitis B lagi. Oleh karena itu, jika serokonversi HBeAg adalah tujuan terapi, setidaknya 50% pasien HBeAg-positif perlu menerima terapi antivirus oral selama lebih dari 2 tahun. Juga telah ditunjukkan bahwa tingkat kumulatif serokonversi HBeAg yang diinduksi IFN-a dan serokonversi HBeAg spontan pada pasien Asia hanya berbeda pada awalnya, dan yang pertama tidak stabil seperti yang kedua. HBVDNA masih dapat dideteksi dengan PCR pada 81% hingga 91% pasien, dan data dari penelitian terbaru, yang dipresentasikan pada APASL 2008, menunjukkan bahwa serokonversi HBeAg yang diinduksi oleh pengobatan tidak stabil seperti yang terakhir. Serokonversi HBeAg dibalikkan pada 48 minggu setelah penghentian obat pada tingkat yang lebih tinggi daripada serokonversi HBeAg spontan, dengan perbedaan yang signifikan secara statistik. Data ini menunjukkan bahwa konversi serologis HBeAg tidak dapat digunakan sebagai titik akhir pengobatan primer.