Infeksi HIV dari kolonoskopi biasanya disebabkan oleh berbagi peralatan medis dengan pasien HIV dan kurangnya sterilisasi peralatan medis yang ketat, yang dapat menyebabkan infeksi HIV melalui mukosa rektum atau penularan darah. HIV terdapat dalam darah, air mani, cairan vagina, cairan serebrospinal, cairan thoracoabdominal, cairan ketuban dan air susu ibu dari orang yang terinfeksi HIV, dan dapat ditularkan melalui kontak seksual, darah dan produk darah atau penularan dari ibu ke anak. Jika pasien tidak diobati tepat waktu, penyakitnya dapat diperparah dan komplikasi serius dapat timbul. Penting juga untuk mengunjungi rumah sakit secara teratur untuk memantau antibodi HIV dan limfosit CD4. Karena HIV rentan terhadap resistensi obat, maka penting untuk mengubah rejimen pengobatan segera setelah obat antiretroviral menjadi resisten.