Subluksasi atantoaksial harus dibedakan dari sindrom Meniere, neuralgia trigeminal, jembatan otak, lesi tanduk serebelar, penyakit serebrovaskular iskemik akut dan infark serebral terbatas. 1. Sindrom Meniere: Ini adalah akumulasi air di vagus membran telinga bagian dalam dan ditandai dengan episode vertigo, gangguan pendengaran yang berfluktuasi, dan tinitus. Hal ini ditandai dengan timbulnya vertigo setelah peningkatan tinnitus dan pengurangan bertahap atau hilangnya tinnitus setelah episode vertigo. Otolaringologi dapat membantu dalam diagnosis. 2. Neuralgia trigeminal: Episode berulang dari rasa sakit sementara yang parah dalam distribusi saraf trigeminal, tanpa kerusakan fungsi saraf trigeminal yang terkait, disebut neuralgia trigeminal. Pada kasus yang parah, rasa nyeri dapat disertai refleks kedutan otot pada sisi yang sama. 3, jembatan serebral, lesi tanduk serebelar: dimanifestasikan sebagai vertigo dan gangguan pendengaran progresif di satu sisi, ketidakstabilan berjalan, pemeriksaan CT atau MRI dapat dilihat di jembatan serebral, lesi yang menempati tanduk serebelar, sinar-X dapat menunjukkan kanal pendengaran yang membesar di sisi penyakit, posisi mulut terbuka vertebra atlantoaksial tanpa misalignment. 4, penyakit serebrovaskular iskemik akut: penyakit serebrovaskular iskemik akut juga secara klinis dikenal sebagai penyakit pembuluh darah iskemik serebral transien, sebagian besar terlihat pada pasien paruh baya, timbulnya gejala dalam 2 menit, tetapi sebagian besar pulih dalam 15 menit, tidak ada gejala sisa. Ini bermanifestasi sebagai kelemahan otot, kelumpuhan, sensasi kesemutan pada tungkai atau wajah kontralateral, atau hilangnya sensasi dan disartria; atau vertigo mendadak, atau sensasi kesemutan perioral, sensasi abnormal pada tungkai bilateral, atau ataksia. 5.Infark serebral terbatas: Stroke (umumnya dikenal sebagai “stroke”), sebagian besar pada pasien paruh baya atau lebih tua dengan hipertensi, diabetes, penyakit jantung, atau hiperlipidemia, muncul dengan gejala seperti sakit kepala sebelah, vertigo, muntah, sensasi abnormal di sisi berlawanan dari tubuh, hemiparesis, bicara cadel, dll. Pemeriksaan CT dan MRI dapat membantu dalam diagnosis.