Batu saluran kemih bagian atas biasanya adalah batu ginjal dan ureter. Batu saluran kemih bagian atas merupakan bagian utama dari batu saluran kemih dan pengobatannya bervariasi sesuai dengan komposisi dan ukuran serta lokasinya yang tepat waktu. Prinsip umum pengobatan batu saluran kemih bagian atas adalah untuk meringankan rasa sakit pasien, meringankan obstruksi, melindungi fungsi ginjal, secara efektif menghilangkan batu, mengobati penyebab masalah dan mencegah kekambuhan. Pilihan pengobatan untuk batu saluran kemih bagian atas meliputi litotripsi, litotripsi, litotripsi gelombang kejut ekstrakorporeal, litotripsi ureteroskopi, nefrolitripsi perkutan, litotripsi bedah laparoskopi atau terbuka. Batu ginjal dan ureter yang berdiameter kurang dari 6 mm biasanya dapat dikeluarkan dari tubuh dengan sendirinya dan dapat diobati dengan lithotripsy dengan minum lebih banyak air dan menjadi lebih aktif, minum sekitar 2500 ml air. Pasien dengan hasil laboratorium batu asam urat, batu yang terinfeksi atau batu sistin dapat diobati dengan obat litotripsi. Obat litotripsi yang umum digunakan termasuk allopurinol, asetilsistein dan nefroliton. Untuk batu berdiameter 7-20 mm, litotripsi gelombang kejut ekstrakorporeal dapat dilakukan jika tidak ada obstruksi saluran kemih, tetapi untuk batu yang lebih besar dan lebih keras, litotripsi tunggal mungkin tidak efektif. Untuk batu ginjal yang lebih besar atau batu ureter bagian atas, nefrolitotomi perkutan dapat digunakan; untuk batu ureter di segmen bawah dan tengah, litotripsi ureteroskopi biasanya digunakan untuk mengangkat batu. Pasien minum banyak air dan buang air kecil secara teratur setelah operasi untuk membantu mencegah infeksi saluran kemih.