Kista akar lidah harus ditangani sesuai dengan kondisi spesifik penyakitnya. Untuk kista yang berukuran kecil dan tidak berpengaruh pada pola makan, pembedahan tidak diperlukan. Jika gejalanya tidak serius, kista kecil, dan tidak berpengaruh pada pola makan sehari-hari, Anda dapat memilih pengobatan konservatif terlebih dahulu, pembedahan tidak diperlukan, karena pengobatan konservatif tidak efektif, atau gejala kista serius pada akar lidah, Anda dapat diangkat melalui pembedahan, dan juga dapat diobati dengan laser, microwave thermo-koagulasi dan cara pengobatan lainnya. Perhatian harian harus diberikan pada diet, hindari makanan pedas dan merangsang, minimalkan aktivitas lidah, kembangkan kebiasaan kerja dan istirahat yang baik, observasi rongga mulut secara teratur, jika benjolan muncul kembali, harus segera dikonsultasikan.