Penyebab atrofi sistem multipel belum diketahui, dan belum ada pengobatan baru. Pengobatan atrofi sistem multipel terutama berfokus pada pengobatan simtomatik hipotensi postural dan gejala mirip Parkinson yang disebabkan oleh penyakit ini, serta pengobatan gejala sekunder lainnya. 1. Pengobatan untuk hipotensi postural: atrofi sistem multipel akan menyebabkan disfungsi otonom dan menyebabkan hipotensi postural, yang dapat diobati dengan mengenakan stoking kompresi, mengonsumsi midodrin α-agonis, hidrokortison, efedrin, dan obat lain. 2. Gejala mirip Parkinson: atrofi sistem multipel yang merusak neuron dopamin nigrostriatal akan menyebabkan penyakit Parkinson, pasien dapat mengonsumsi levodopa, pramipexole, dan obat lain untuk pengobatan simtomatik. 3. Pengobatan gejala sekunder lainnya: atrofi sistem multipel juga dapat menyebabkan gejala kejang uretra, distonia, pasien dapat mengonsumsi trazodone, pengobatan simtomatik tolterodine. Atrofi multi-sistem adalah penyakit langka, dan tidak ada pengobatan khusus, sehingga disarankan agar pasien menerima pengobatan simtomatik di bawah bimbingan dokter untuk memperpanjang masa kelangsungan hidup.