Gejala khas amebiasis adalah diare, sakit perut, dan darah dalam tinja.
Setelah ameba menginfeksi tubuh manusia, ameba akan memarasit usus manusia, dan gejala-gejala yang sesuai akan muncul. Hal ini dapat menyebabkan sakit perut, terutama di sekitar pusar, dan beberapa pasien hanya menunjukkan rasa sakit yang tersembunyi di perut bagian atas.
Banyak pasien juga menderita diare, yang dimanifestasikan oleh tinja seperti selai dengan bau amis, disertai dengan rasa mendesak dan berat (rasa tidak nyaman di perut bagian bawah, keinginan yang kuat untuk buang air besar, dan perasaan evakuasi yang tidak lengkap setelah buang air besar). Trofozoit amuba menyebabkan peradangan dan keluarnya cairan di lokasi lesi, serta tinja berdarah.
Selain menyerang usus, trofozoit amuba juga dapat menyerang organ-organ tubuh. Jika menyerang hati, mereka dapat menyebabkan abses hati, yang dapat dimanifestasikan dengan rasa sakit yang parah di perut kanan atas dan demam. Infeksi trofozoit amuba yang dicurigai memerlukan perhatian medis yang cepat.