Risiko operasi bypass kedua lebih tinggi daripada risiko operasi pertama, dan dapat dikombinasikan dengan komplikasi seperti infeksi, oklusi pembuluh darah, efusi pleura, dan bahkan henti jantung dan kematian mendadak. Operasi bypass membutuhkan dada terbuka dan henti jantung, dan jika perawatan pasca operasi tidak memadai, ada kemungkinan terjadi penundaan penyembuhan tulang dada dan infeksi pada luka; mungkin juga sulit untuk bangun. Bypass kedua umumnya diindikasikan untuk orang yang memiliki pembuluh darah jembatan yang tersumbat setelah operasi bypass jantung, atau arteri koroner yang tersumbat yang tidak tertangani dengan baik dengan pengobatan dan sulit untuk dipasang stent. Namun, operasi bypass sekunder dapat menjadi lebih sulit karena terbatasnya jumlah lokasi bypass dan pembuluh darah yang tersedia untuk operasi ulang; perburukan kondisi secara bertahap dan status umum yang buruk; serta adanya perlengketan setelah operasi pertama. Selalu disarankan untuk menjalani bypass sekunder di rumah sakit biasa setelah dievaluasi oleh dokter dan memperhatikan penggunaan obat yang benar setelah operasi.