Jika air seni berwarna coklat maka kemungkinan penyebabnya adalah: pertama, pasien dengan retensi urin mengeluarkan air seni berwarna coklat, sebagian besar terkait dengan konsentrasi urin yang ekstrim. Kedua, pasien yang menderita pielonefritis akut, mereka yang menderita cedera ginjal atau luka bakar besar dapat mengeluarkan urin berwarna cokelat, yang mengandung lebih banyak hemoglobin dan oleh karena itu menghasilkan urin berwarna cokelat. Ketiga, pasien dengan hemoglobinuria saat tidur paroksismal dapat mengeluarkan urin berwarna cokelat. Keempat, penyakit kacang fava, ketika pasien kekurangan glukosa dehidrogenase 6-fosfat dalam tubuh, urin berwarna coklat dapat terjadi ketika makan kacang fava, sebagian besar disertai dengan mual, pusing, dan menguningnya kulit dan mata. Kelima, ketika golongan darah yang salah ditransfusikan, hal ini dapat menyebabkan hemolisis akut, yang kemudian dapat muncul sebagai urin berwarna coklat, sebagian besar terjadi pada mereka yang memiliki riwayat transfusi darah. Keenam, anemia hemolitik atau setelah berolahraga berat, urin dapat tampak berwarna cokelat gelap, sebagian besar terkait dengan tingginya kadar hemoglobin dalam urin.