Endoskopi saluran cerna bagian atas umumnya tidak berbahaya bagi tubuh, tetapi sejumlah kecil pasien dapat mengalami komplikasi seperti distensi abdomen, mual dan muntah, perdarahan dan perforasi selama atau setelah pemeriksaan karena toleransi yang rendah dan kepatuhan yang buruk. 1. Perut kembung, mual dan muntah: Endoskopi saluran cerna bagian atas umumnya merupakan endoskopi dari mulut atau rongga hidung ke kerongkongan dan lambung melalui faring dan tenggorokan, endoskopi yang dimasukkan ke dalam lambung dapat menarik otot polos lambung atau menyebabkan penyumbatan mukosa lambung dan pembengkakan yang menyebabkan gejala mual dan muntah. Selama pemeriksaan, sejumlah gas akan disuntikkan ke dalam saluran pencernaan, dan distensi abdomen dapat terjadi pada akhir pemeriksaan, yang dapat hilang setelah kelelahan. 2. Pendarahan: Endoskopi saluran cerna bagian atas merupakan jenis pemeriksaan invasif, dalam proses masuk ke dalam lambung akan terjadi gesekan dan benturan dengan jaringan selaput lendir di sekitarnya sehingga terjadi kerusakan mekanis, pendarahan mukosa lambung. Perdarahan dari robekan mukosa esofagus juga dapat terjadi. 3. Perforasi: Perforasi saluran pencernaan, seperti perforasi lambung atau perforasi duodenum, dapat terjadi karena kurangnya pengalaman operator dan pasien yang tidak kooperatif. Emfisema mediastinum, pneumotoraks, emfisema subkutan, dan pneumoperitoneum retroperitoneal dapat terjadi setelah perforasi, yang harus segera ditangani oleh dokter bedah. Secara keseluruhan, komplikasi e-endoskopi saluran cerna bagian atas sangat kecil kemungkinannya, dan pasien harus secara aktif bekerja sama dengan dokter untuk menghindari komplikasi.