Tidak ada pengobatan obat yang efektif untuk batu saluran empedu intrahepatik, dan mengonsumsi obat-obatan herbal tidak akan mengeluarkan batu saluran empedu intrahepatik. Batu saluran empedu intrahepatik biasanya diobati dengan pembedahan. Batu saluran empedu intrahepatik tanpa gejala dapat diobati tanpa perawatan khusus dan hanya memerlukan observasi dan tindak lanjut secara teratur. Bila muncul gejala seperti nyeri perut bagian atas, demam dan penyakit kuning, perawatan bedah harus dilakukan. Metode bedah seperti koledoktomi, anastomosis empedu-usus dan hepatektomi parsial dapat dilakukan untuk mengangkat batu. Karena lebih umum terjadi batu yang tertinggal setelah pembedahan untuk batu saluran empedu intrahepatik, maka perawatan lanjutan biasanya diperlukan setelah pembedahan, yang meliputi koledokoskopi sinusoidal transduktal untuk ekstraksi batu, laser dan litotripsi plasma untuk menghilangkan sisa batu. Penemuan batu saluran empedu intrahepatik harus segera dibawa ke rumah sakit, di bawah bimbingan dokter untuk melakukan perawatan rutin.