Gastroenteritis yang secara klinis dikenal sebagai gastroenteritis dibagi menjadi infeksi dan non-infeksi. Gastroenteritis infeksi disebabkan oleh bakteri, virus, parasit dan infeksi lainnya. Gastroenteritis non-infeksi dirangsang oleh obat-obatan dan alkohol. Gastroenteritis bakteri terutama disebabkan oleh makan makanan yang terkontaminasi bakteri, yaitu keracunan makanan. Hal ini juga dapat disebabkan oleh minum air mentah. Agen penyebab yang umum adalah Salmonella, basil disentri dan Escherichia coli. Gastroenteritis virus paling sering terjadi pada anak-anak. Patogen yang umum termasuk rotavirus, adenovirus, dan norovirus. Infeksi parasit, patogen yang umum adalah amuba, schistosomiasis, dll. Gastroenteritis memiliki lebih banyak faktor non-infeksi. Dapat disebabkan karena makan makanan yang mengiritasi dalam jangka panjang, alergi makanan, alkohol, mengonsumsi obat antiinflamasi nonsteroid, seperti aspirin, dll. Merangsang saluran pencernaan yang disebabkan oleh respon inflamasi; dapat juga disebabkan oleh penyakit saluran pencernaan sendiri, seperti stimulasi refluks empedu yang disebabkan; dapat juga disebabkan oleh ketidakseimbangan flora usus yang disebabkan oleh infeksi dan gangguan kekebalan tubuh. Perhatikan kebersihan makanan dalam kehidupan sehari-hari. Jangan minum air mentah, jangan makan makanan yang tidak bersih dan basi. Makanan harus dimasak sematang mungkin dan jangan makan daging mentah.