Gastroskopi dapat menjadi alternatif dari esofagoskopi, dan kondisi spesifik kerongkongan dapat dilihat selama gastroskopi. Gastroskopi masuk melalui hidung atau mulut dan memeriksa kerongkongan sebelum melewati lambung dan duodenum, sehingga gastroskopi memberikan skrining yang lebih baik untuk penyakit esofagitis, gastritis dan duodenum, dan memungkinkan pengambilan biopsi patologi tanpa memerlukan esofagoskopi lebih lanjut. Esofagoskopi umumnya digunakan untuk pemeriksaan dinding lateral saluran pencernaan dan hanya dapat diterapkan pada kerongkongan, sedangkan gastroskopi lebih komprehensif dan digunakan secara luas. Sebagian besar unit lebih sering memilih gastroskopi dan penggunaan esofagoskopi saat ini relatif jarang.