Reaksi gastrointestinal paling sering terjadi setelah pemberian metronidazol, bermanifestasi sebagai mual, muntah, kehilangan nafsu makan, kram perut, dan umumnya tidak mempengaruhi sistem sistemik lainnya. Reaksi yang merugikan ini bersifat reversibel dan dapat pulih dengan sendirinya setelah penghentian obat. Metronidazol memiliki kontraindikasi. Obat ini dikontraindikasikan pada wanita selama kehamilan dan menyusui, dan harus digunakan dengan hemat pada pasien dengan gangguan sistem saraf pusat yang aktif atau gangguan hematologi.