Nefrolitotomi perkutan berbahaya dan dapat menyebabkan komplikasi seperti perforasi pelvis ginjal, perdarahan, infeksi, hematoma retroperitoneal, dan kerusakan pada organ di sekitarnya. Nefrolitotomi perkutan dilakukan di bawah lokalisasi ultrasound atau sinar-X dengan cara menusuk untuk membuat saluran dari kulit ke ginjal, dan ekstraksi batu atau litotripsi dilakukan secara nefroskopi. Dibandingkan dengan pembedahan terbuka untuk pengangkatan batu, metode ini memiliki keuntungan berupa trauma yang lebih kecil, kemanjuran yang lebih baik, komplikasi yang lebih sedikit, dan pemulihan yang lebih cepat. Metode ini terutama cocok untuk pengobatan batu yang kompleks dan dapat mencapai efek yang sama dengan pembedahan pengangkatan batu terbuka. Nefrolitotomi perkutan memiliki risiko komplikasi seperti perforasi pelvis ginjal, perdarahan, infeksi, hematoma retroperitoneal, kerusakan organ perifer, dan lain-lain, yang berbahaya dan tidak cocok untuk pasien dengan kecenderungan perdarahan, insufisiensi jantung-paru yang serius, dan tumor ginjal gabungan. Oleh karena itu, disarankan agar pasien bekerja sama dengan dokter untuk menyelesaikan pemeriksaan pra operasi, dan dokter akan menentukan metode pembedahan setelah evaluasi.