Kista cokelat adalah bagian dari endometriosis, suatu kondisi di mana endometrium ektopik tumbuh di ovarium dan membentuk kista. Penyebab kista coklat masih belum jelas dan sebagian besar diduga disebabkan oleh endometrium yang tumbuh ke dalam ovarium melalui pembuluh darah dan pembuluh limfatik, dan mungkin juga terkait dengan fungsi kekebalan tubuh, faktor genetik dan faktor lingkungan. Jika pasien memiliki perkembangan saluran reproduksi yang tidak normal, seperti penyumbatan saluran genital bagian bawah, hal ini dapat menyebabkan terhambatnya keluarnya darah menstruasi, yang dapat menyebabkan kista. Jika pasien memiliki perkembangan saluran reproduksi yang tidak normal, seperti penyumbatan saluran genital bagian bawah, hal ini dapat dengan mudah menyebabkan terhambatnya keluarnya darah haid, yang dapat dengan mudah menyebabkan endometrium yang terkelupas selama menstruasi mengalami retrogradasi dan berimplantasi ke dalam ovarium, sehingga menimbulkan kista coklat. Jika pasien mencurigai bahwa dia memiliki kista cokelat, dianjurkan agar dia menjalani pemeriksaan ginekologi dan laparoskopi untuk menentukan apakah dia memiliki penyakit tersebut. Jika didiagnosis, mereka dapat diobati dengan obat anti-inflamasi non-steroid atau obat hormonal seperti kontrasepsi oral atau progestin di bawah bimbingan seorang profesional medis. Namun demikian, jika gejalanya parah, pembedahan dapat dipertimbangkan.