Terapi magnet transkranial dapat dilakukan satu kali dan dihentikan selama 1 hari, tetapi tidak dianjurkan. Frekuensi klinis pengobatan untuk pasien yang menerima terapi magnet transkranial adalah 3 hingga 5 kali per minggu, seringkali 1 kali pengobatan per hari. Biasanya, rangkaian 15 hingga 20 sesi terapi magnet transkranial adalah 3 hingga 5 sesi per minggu, sering kali 1 sesi per hari, dengan kemungkinan sesi tambahan tergantung pada kondisi dan respons pasien terhadap terapi. Perubahan rejimen pengobatan dan pengobatan dapat dipertimbangkan jika ada perubahan yang signifikan dalam rejimen pengobatan pasien (jenis atau dosis). Terapi magnet transkranial yang berkelanjutan dapat memberikan efek terapi kumulatif, sehingga biasanya disarankan agar pasien menerimanya sekali sehari, bukan sekali sehari dan tidak sekali sehari. Tentu saja, frekuensi terapi dapat disesuaikan dengan tingkat toleransi pasien dan harus ditentukan oleh dokter setelah menilai kondisi pasien.