Anak-anak dapat mengonsumsi metronidazol, tetapi penggunaannya pada anak-anak memerlukan indikasi tertentu, karena ini adalah antibiotik dan sangat cocok untuk anak-anak yang terinfeksi bakteri anaerob. Sebagai contoh, infeksi H. pylori pada anak-anak dapat menyebabkan bau mulut serta sakit perut dan bahkan menyebabkan sakit maag pada anak-anak. Dalam kasus ini, dokter sering memberi anak-anak terapi tiga kali lipat, misalnya, omeprazole dan amoksisilin dengan metronidazol, sehingga metronidazol dapat digunakan, tetapi harus diindikasikan. Metronidazol harus selalu diberikan kepada anak-anak berdasarkan kilogram per kilogram dan pengobatan tertentu harus digunakan. Jika mengobati infeksi H. pylori pada anak-anak, metronidazol sering digunakan selama 2-4 minggu, jika tidak maka akan sulit untuk membunuh H. pylori sepenuhnya. Singkatnya, anak-anak dapat mengonsumsi metronidazol, tetapi harus ada indikasi penggunaannya.