Perbedaan antara benzoksisilin dan amoksisilin adalah bahwa flora yang tercakup tidak sama dan kekuatannya tidak sama. Benzoksisilin dan amoksisilin keduanya termasuk dalam kelas obat penisilin, benzoksisilin terutama merupakan penisilin yang resisten terhadap asam dan penisilinase, sedangkan amoksisilin lebih banyak digunakan, menargetkan lebih banyak jenis bakteri. Benzoksisilin terutama digunakan untuk pneumonia dan infeksi jaringan lunak yang disebabkan oleh bakteri staphylococcus yang resisten terhadap penisilin, sedangkan amoksisilin cocok untuk infeksi yang disebabkan oleh bakteri sensitif, seperti infeksi saluran pernapasan bagian atas, infeksi saluran genitourinari, infeksi kulit jaringan lunak, dan infeksi saluran pernapasan bagian bawah. Benzoksisilin dan amoksisilin dapat menyebabkan mual, muntah, perut kembung, kehilangan nafsu makan dan ruam kulit serta reaksi merugikan lainnya, pasien yang alergi penisilin dan tes kulit penisilin positif harus dilarang menggunakan obat tersebut. Benzoksisilin dan amoksisilin harus digunakan di bawah bimbingan dokter, jangan sembarangan menggunakan obat tersebut, agar tidak menimbulkan konsekuensi yang merugikan.