Menstruasi tidak diperbolehkan melakukan kolonoskopi, karena pada saat ini melakukan kolonoskopi akan mempengaruhi hasil kolonoskopi, umumnya dianjurkan agar masa menstruasi setelah bersih 3-7 hari baru melakukan kolonoskopi, karena menstruasi daya tahan tubuh manusia berkurang, rentan terhadap reaksi yang merugikan, seperti infeksi, dan pendarahan usus yang serius, tes ini merupakan jenis pemeriksaan traumatis, sehingga harus dihindari selama masa menstruasi. Menstruasi harus memperhatikan istirahat, pola makan harus ringan, tidak makan makanan pedas, memperhatikan kehangatan, hindari olahraga berat, agar tidak menyebabkan peningkatan menstruasi, tetapi juga memperhatikan kebersihan diri, agar tidak menyebabkan infeksi. Melakukan kolonoskopi harus memperhatikan hal-hal berikut: 1, 3 hari yang lalu harus makan makanan cair. 2, hindari makan sayuran, buah-buahan dan dapat menyebabkan perut kembung, seperti susu, agar tidak berdampak pada hasil pemeriksaan. 3, pada hari pemeriksaan perlu berpuasa, oralit atau penggunaan enema untuk mencuci usus.