Pengobatan penyakit Hashimoto sebagian besar bersifat simtomatik. Pengobatan spesifik terutama adalah terapi penggantian dengan hormon tiroid, di mana hormon obat digunakan untuk menggantikan hormon tiroid autoketon yang sudah membusuk. Jika pasien dengan penyakit Hashimoto mengalami nyeri atau kondisi lain yang lebih parah, hal ini hanya dapat diobati dengan glukokortikoid, seperti prednison, dan, jika perlu, pembedahan. Penyakit Hashimoto sebenarnya adalah tiroiditis limfositik kronis yang ditandai dengan gondok dan hipotiroidisme, dan sering kali diobati secara klinis dengan hipotiroidisme sebagai target pengobatan utama. Pasien dengan penyakit Hashimoto harus diobati dengan obat-obatan dan perubahan pola makan seperti makanan tinggi protein dan kaya vitamin untuk mengisi kembali elemen-elemen tubuh yang kurang untuk meredakan gejala.