Chlamydia trachomatis dapat menyebabkan kondisi infeksi peradangan di beberapa bagian tubuh. Misalnya, situs yang paling umum adalah infeksi mata, yang disebut sebagai trachoma. Jika seseorang dengan konjungtivitis dicurigai menderita trakoma, tes keputihan yang relevan akan dilakukan untuk mencari patogen. Hasil positif untuk Chlamydia trachomatis akan menghasilkan diagnosis definitif trachoma; hasil negatif tidak akan mengesampingkan diagnosis trachoma 100%. Hal ini karena tidak ada tes yang 100% akurat, atau sensitif, dan ada tingkat positif palsu dan negatif palsu tertentu. Hal ini kemudian harus dikombinasikan dengan fitur klinis pasien, seperti kongesti konjungtiva yang khas, pembuluh darah yang kabur, sejumlah besar folikel yang terlihat di mata, dan kekeruhan pembuluh darah kornea yang dapat berkembang dari waktu ke waktu. Dalam kriteria diagnostik untuk trachoma, Chlamydia trachomatis positif bukanlah kondisi yang diperlukan dan diagnosis didasarkan pada presentasi klinis yang khas. Karena komplikasi trakoma sangat banyak dan serius, pengobatan dapat dimulai jika dicurigai adanya trakoma. Antibiotik secara rutin digunakan, yang paling sensitif saat ini adalah jenis makrolida, tetapi dalam kasus klamidia, beberapa jenis antibiotik relatif sensitif dan kombinasi yang tepat dapat dipertimbangkan. Chlamydia trachomatis juga dapat menginfeksi genitalia dan menyebabkan infeksi saluran kemih. Tes urin, terutama kultur urin, dapat menentukan adanya infeksi Chlamydia trachomatis. Pengobatan andalan adalah antibiotik, yang juga dapat diberikan secara sistemik, dan durasi pengobatan sering kali lama, setidaknya 1 hingga 2 bulan pada prinsipnya. Dalam kasus Chlamydia trachomatis negatif, kunjungan ke dokter mata masih diperlukan untuk mempertimbangkan diagnosis akhir setelah pemeriksaan mata menyeluruh.