Pembedahan diperlukan untuk semua jenis malformasi anorektal bawaan. Namun, waktu dan prosedur pembedahannya berbeda-beda, tergantung pada jenis malformasi dan ukuran fistula. Metode pembedahan yang ada saat ini meliputi: eksisi fistula dengan jahitan berlapis, perbaikan flap rektum, dan pembedahan perineum sakroabdomen. Tujuan pembedahan adalah untuk mengembalikan fungsi usus dengan kontrol yang normal. Fistula rektovaginal sulit dioperasi karena penyebabnya yang kompleks, variasi fistula, infeksi pasca operasi, tingkat kekambuhan yang tinggi, sehingga pilihan prosedur sangat penting untuk mencapai hasil yang sukses. Fistula dapat diperbaiki melalui vagina atau rektum dengan mengangkat fistula dan menjahitnya secara berlapis-lapis. Keuntungannya adalah prosedurnya sederhana dan mudah dilakukan. Kerugiannya adalah tingkat kekambuhan yang tinggi dan kebutuhan suplai darah yang memadai ke flap otot mukosa karena ketegangan pada jahitan dan pemisahan jaringan rektum atau vagina yang tidak merata. 2. Perbaikan flap bergerak rektum Noble pertama kali menggunakan perbaikan flap bergerak rektum pada tahun 1902 untuk mengobati fistula rektovaginal. Sebagian besar ahli baru-baru ini menyimpulkan bahwa metode ini lebih disukai untuk perbaikan fistula rektum rendah. 3. Bedah perineum sakro-abdominal Karena levator anus hanya sekitar 1,5 cm dari anus pada bayi baru lahir, maka sangat mudah untuk merusak cincin puborektal saat memisahkan rektum di perineum. Sayatan sakrokoksigeal memungkinkan cincin puborektal diidentifikasi dengan jelas dan rektum mudah dipisahkan dan diangkat untuk fistula dengan lubang yang tinggi. Prosedur ini cocok untuk anak di atas usia 6 bulan. Pada kasus anomali anus bawaan dan fistula rektovaginal, perhatian harus diberikan pada: (1) pendekatan pembedahan dan metode pembedahan; (2) kecukupan ujung rektum yang bebas; (3) penghindaran infeksi yang serius; dan (4) pelepasan mukosa rektum yang cukup untuk mendapatkan jahitan yang bebas dari ketegangan. Atresia anus yang dikombinasikan dengan fistula navikularis rektovaginalis rendah: pada kasus-kasus di mana fistula berukuran kecil dan terdapat kesulitan buang air besar setelah lahir, stoma neonatal dapat dibuat. Jika fistula tampak sangat dekat dengan lubang vagina, anoplasti dilakukan setelah usia 4-5 tahun. Jika fistula vagina berukuran besar dan feses keluar dengan bebas, pembedahan dini tidak diperlukan, tetapi lebih tepat dilakukan pada usia 3 hingga 5 tahun. Untuk fistula rektovagina yang didapat, terutama yang berasal dari medis, waktu pembedahan harus dipilih dengan hati-hati dan pasien tidak boleh dioperasi segera karena dia menginginkannya. Pembedahan harus menunggu sampai semua peradangan mereda dan bekas luka melunak, 3 bulan setelah cedera atau perbaikan dilakukan. Jika fistula berukuran besar, tunggulah selama 6 bulan. Juga semua peradangan harus dikeringkan dengan benar.