Secara umum diyakini bahwa infeksi kronis yang disebabkan oleh batu empedu merangsang epitel kandung empedu untuk berkembang biak dan menjadi kanker dalam jangka panjang. Telah dilaporkan bahwa ukuran batu empedu berkorelasi positif dengan kemungkinan kanker kandung empedu. Juga telah dilaporkan bahwa kolesistitis kronis dengan kalsifikasi dinding kandung empedu memiliki tingkat kanker sebesar 12,5-61%. Sejumlah kecil methylcholanthrene ditanamkan ke dalam kantong empedu enam ekor kucing, dan lima ekor kucing mengalami kanker kandung empedu. Kolesterol dan garam asam empedu dalam empedu dapat diubah menjadi bahan kimia dengan struktur kimia yang mirip dengan methylcholanthrene oleh bakteri anaerobik seperti Clostridium perfringens, sehingga diduga faktor karsinogenik yang terkandung dalam empedu ini berkaitan dengan perkembangan kanker kandung empedu. Orang lain percaya bahwa terjadinya kanker kandung empedu terkait dengan malformasi di persimpangan bagian bawah saluran empedu umum dan pertemuan saluran pankreas utama. Juga diyakini bahwa terjadinya kanker kandung empedu adalah hasil dari berbagai faktor seperti faktor makanan, infeksi bakteri dan parasit, dan batu empedu. Kanker saluran empedu juga terkait erat dengan batu empedu, dan telah dilaporkan bahwa 64-100% kasus kanker saluran empedu dikombinasikan dengan batu empedu, tetapi beberapa orang percaya bahwa kanker saluran empedu tidak terkait erat dengan batu empedu seperti kanker kandung empedu. Kolitis ulseratif kronis dan infeksi Schistosoma haematobium telah dilaporkan berhubungan dengan terjadinya kolangiokarsinoma. Kolangiokarsinoma dapat terjadi pada sekitar 18% pasien dengan kista saluran empedu umum kongenital, dan kanker biasanya terjadi di dinding posterior kista atau di saluran empedu yang mengelilingi kista. Hubungan antara kolangitis sklerosis primer dan kolangiokarsinoma masih kontroversial. Beberapa orang percaya bahwa primary sclerosing cholangitis itu sendiri adalah sejenis kolangiokarsinoma dengan keganasan yang rendah dan perkembangan yang lambat.