Atresia bilier biasanya hanya dapat diatasi dengan prosedur Gessy, dan lebih sulit disembuhkan sepenuhnya. Pembedahan Gessy biasanya merupakan pilihan pertama untuk atresia bilier. Pembedahan ini biasanya menargetkan atresia bilier intrahepatik, dan terutama meredakan gejala atresia bilier melalui anastomosis bilier, termasuk pengupasan massa berserat pada hepatoportal, anastomosis pada jejunum hepatoportal, serta rekonstruksi sirkuit jejunoilus, yang akan membantu fungsi hati pulih kembali dan penyakit kuning mereda. Umumnya, setelah operasi, empedu biasanya dapat keluar dengan lancar, tetapi hanya dapat meringankan kondisi, tidak dapat menyembuhkan secara total, dan hanya efektif untuk sebagian atresia bilier. Dianjurkan untuk melakukan pemeriksaan terperinci sebelum operasi. Jika atresia bilier bersifat ekstrahepatik, biasanya diobati dengan reseksi saluran empedu atretik dan rekonstruksi saluran empedu. Prosedur ini hanya efektif untuk sebagian anak dan juga dapat mengulur waktu untuk langkah selanjutnya, yaitu transplantasi hati.