Penyakit menular seksual disebabkan oleh berbagai patogen. Patogen-patogen ini terdapat di dalam tubuh pasien dan dalam sekresi tertentu. Hubungan seksual adalah jalur utama penularan penyakit menular seksual. Ketika orang yang sehat melakukan hubungan seksual dengan pasien, patogen dapat menyerang tubuh melalui lecet ringan pada mukosa kulit genital, seperti gonore dan sifilis, atau dapat ditularkan melalui kontak fisik yang dekat selama hubungan seksual, seperti kudis, moluskum kontagiosum menular dan kutu kemaluan.
Perilaku seksual lainnya seperti kontak oral-genital, kontak oral-anal, dan kontak genital-anal (seks anal) adalah salah satu rute penularan, seperti AIDS dan infeksi usus pada pria gay. Patogen dari beberapa penyakit menular seksual juga dapat ditularkan melalui rute tidak langsung, seperti gonore, kudis dan trikomoniasis yang ditularkan melalui handuk yang terkontaminasi pasien, pakaian dalam, seprai, bak mandi dan toilet. Juga dapat ditularkan melalui transfusi darah atau produk darah, jarum suntik, dll., seperti hepatitis dan AIDS. Beberapa penyakit menular seksual juga dapat ditularkan ke janin atau bayi baru lahir selama kehamilan dan persalinan, seperti sifilis janin, konjungtivitis gonore neonatal, dan infeksi herpes neonatal.
Menurut rute penularannya, PMS dapat dibagi menjadi beberapa jenis berikut: Hubungan seks anal – jenis hubungan seksual (PMS primer): terutama untuk transmisi hubungan seks anal atau hubungan seksual dan penularan penyakit, diwakili oleh AIDS.
PMS terutama ditularkan melalui hubungan seksual atau hubungan seksual, dan diwakili oleh gonore, sifilis, chancre lunak, limfogranuloma venereum, granuloma inguinalis, uretritis non-gonokokus, klamidia / mikoplasma genitalium, trikomoniasis, dll.
Jenis kulit-mukosa-interkursus (STD tersier): terutama kulit-ke-kulit, penularan kontak mukosa-ke-mukosa atau penularan dan penyakit kontak antar-seksual, seperti condyloma acuminata,, kandidiasis pada area kemaluan, herpes genital, penyakit kutu kemaluan, kudis, moluskum kontagiosum menular, hepatitis B, herpes pubis, dll. Jenis hubungan seksual fecal-oral (hubungan seksual empat tingkat) terutama untuk masuknya tinja kontaminasi jari dan penularan atau seks oral saat penularan fecal-oral, seperti infeksi Giardia usus, amoebiasis, shigellosis, salmonellosis, hepatitis A, dll. sebagai perwakilan.