Rongga mulut adalah rumah bagi sejumlah besar bakteri yang membentuk flora yang luas dan bakteri-bakteri ini cenderung menyebabkan kerusakan pada mulut. Secara konvensional terdapat mikroorganisme kariogenik seperti Streptococcus, Lactobacillus dan Actinobacillus, yang paling umum adalah Streptococcus pyogenes, yang dapat menyebabkan karies. Biasanya Lactobacillus juga cenderung menyebabkan karies sulkus dan Actinobacillus cenderung menyebabkan karies permukaan akar pada gigi, suatu kondisi yang umumnya juga membutuhkan metabolisme gula. Jika ada penyakit periodontal, mungkin juga ada Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, dll., Yang semuanya rentan terhadap penyakit periodontal, sehingga banyak bakteri di mulut yang rentan menyebabkan kerusakan pada rongga mulut, dan penting untuk mengontrol flora di mulut, dan obat kumur sering digunakan untuk menghambat perkembangan flora di mulut, misalnya, bilas klorheksidin majemuk.