Langkah pertama dalam mengobati konjungtivitis adalah mengidentifikasi penyebab penyakit dan apa yang menyebabkan konjungtivitis. Penyebab konjungtivitis dapat dibagi ke dalam dua kategori, infeksi dan non-infeksi, tergantung pada sifatnya yang berbeda. (i) Infeksi karena infeksi konjungtiva oleh mikroorganisme patogen. (ii) Non-infeksius akibat peradangan alergi yang disebabkan oleh reaksi alergi lokal atau sistemik. Faktor fisik dan kimiawi eksternal seperti cahaya dan berbagai bahan kimia juga dapat menjadi faktor penyebab. Dalam kasus konjungtivitis menular: tetes mata antibakteri atau antivirus atau salep mata. Tergantung pada diagnosis patogenik, obat terapi yang sesuai dipilih. Contohnya, larutan mata levofloxacin, larutan mata tobramycin dan salep mata eritromisin tersedia untuk infeksi bakteri dan larutan mata asiklovir untuk infeksi virus. Untuk konjungtivitis non-infeksi, seperti konjungtivitis alergi, jangan menyalahgunakan antibiotik, tetapi gunakan obat tetes mata anti-alergi seperti larutan mata sodium cromoglycate dan larutan mata flumetron. Oleh karena itu, pengobatan harus didasarkan pada penyebab spesifik.