Dalam praktek klinis, gastritis atrofi dengan erosi mengandung tanda tanya, hal ini menandakan diagnosis awal dokter terhadap penyakit ini, namun masih perlu dilakukan pemeriksaan lebih lanjut, biasanya melalui biopsi patologis untuk memastikan penyakit ini.
Untuk diagnosis gastritis atrofi dengan erosi perlu dilakukan pemeriksaan dengan gastroskopi, pada gastroskopi dapat dilihat pada mukosa lambung warna terang, hilangnya pembuluh darah, lipatan mukosa yang kecil-kecil, sedangkan pada mukosa dapat dilihat lesi yang kasar dan tidak rata, lesi granular atau nodular, bagian atrofi mukosa lambung kerapuhannya meningkat, mudah berdarah dapat dilihat pada erosi fokus. Melalui metode di atas dapat berupa gastritis atrofi awal dengan erosi.
Manifestasi patologis gastritis atrofi dengan erosi terutama meliputi atrofi sel epitel mukosa lambung dan kelenjar, penipisan mukosa, cacat nekrotik iskemik pada permukaan dangkal, dan fokus nekrotik hemoragik, jika manifestasi ini terlihat, diagnosis dapat ditegakkan sebagai gastritis atrofi dengan erosi secara umum.