Tuberkulosis usus tidak dapat didiagnosis dengan mudah. Biopsi mukosa usus dapat memastikan diagnosis, tetapi ini adalah operasi invasif. Selain itu, diagnosis dapat dipastikan dengan menggabungkan riwayat medis pasien, gejala klinis dan pemeriksaan penunjang, dan pengobatan diagnostik jika diperlukan.
Tuberkulosis usus harus dipertimbangkan bila pasien menderita tuberkulosis ekstraintestinal (misalnya tuberkulosis paru), dengan nyeri perut, diare, konstipasi, dll., disertai dengan gejala keracunan tuberkulosis, seperti demam ringan, berkeringat di malam hari (berkeringat secara tidak normal setelah tertidur, tetapi berhenti setelah bangun tidur); pemeriksaan barium meal menunjukkan tanda lompatan, borok, kelainan bentuk usus, stenosis, dll.; kolonoskopi menunjukkan radang ileocecum, bisul, polip, atau stenosis.
Untuk kasus yang sangat dicurigai, pengobatan anti-tuberkulosis dapat dicoba selama 2 ~ 6 minggu, dan diagnosis tuberkulosis usus juga dapat dipastikan jika gejalanya membaik secara signifikan.
Diagnosis tuberkulosis usus dapat dipastikan jika biopsi mukosa usus menunjukkan adanya granuloma kaseosa atau jika ditemukan basil antasidus dalam jaringan biopsi.
Lesi awal tuberkulosis usus dapat disembuhkan, dan jika diagnosis tuberkulosis usus dipastikan atau dicurigai kuat, maka harus diobati sejak dini dan secara aktif untuk mencapai prognosis terbaik.