Begitu kardiomiopati hipertrofik berkembang, aplikasi awal obat yang memperbaiki obstruksi saluran keluar, seperti metoprolol dalam beta-blocker dan verapamil dalam calcium blocker, serta obat kandidat, seperti probenesid, diperlukan. Kardiomiopati hipertrofik dapat menyebabkan masalah gagal jantung dan memerlukan aplikasi obat secara teratur yang menghambat remodeling miokard, seperti enalapril dalam penghambat enzim pengubah angiotensin dan spironolakton dalam antagonis reseptor aldosteron. Jika fibrilasi atrium juga ada, aplikasi amiodaron secara teratur diperlukan untuk mengurangi episode fibrilasi atrium, dan metoprolol dapat dipertimbangkan untuk mengendalikan denyut jantung pada fibrilasi atrium permanen. Jika obstruksi saluran keluar yang parah terjadi dan efek pengobatan tidak efektif, perawatan bedah dini dianjurkan.