Kardiomiopati hipertrofik adalah kelainan kongenital yang dominan autosomal dan turun-temurun. Jika salah satu orang tua memiliki kardiomiopati hipertrofik dan gennya tunggal, kemungkinan memiliki anak dengan kardiomiopati hipertrofik adalah 25%; jika salah satu orang tua memiliki kedua autosom dengan gen kardiomiopati hipertrofik, kemungkinan memiliki anak dengan penyakit ini adalah 100%; jika kedua orang tua memiliki kardiomiopati hipertrofik dan keduanya tunggal, kemungkinan memiliki anak dengan penyakit ini adalah 75%.