Pilihan pengobatan untuk kardiomiopati hipertrofik terutama didasarkan pada gejala pasien dan risiko peringkat kematian jantung mendadak. Jika pasien tidak menunjukkan gejala, maka kardiomiopati itu sendiri tidak memerlukan pengobatan dan sebagian besar pasien akan memiliki harapan hidup yang hampir normal, terlepas dari seberapa parah obstruksi saluran keluar ventrikel kiri. Pengobatan untuk pasien tersebut terutama untuk penyakit terkait lainnya, seperti hipertensi, penyakit arteri koroner, diabetes, hiperlipidemia dan obesitas; mereka dapat melakukan latihan aerobik intensitas rendah dan menghindari olahraga berat; dan melakukan penilaian yang baik terhadap risiko kematian jantung mendadak dan memutuskan apakah akan memasang defibrilator otomatis internal (ICD) berdasarkan hasil penilaian. Jika pasien memiliki gejala, terapi obat lebih diutamakan; jika terapi obat tidak efektif, terapi ablasi alkohol bedah atau intervensi medis dapat dipertimbangkan. Jika efek betablocker tidak memuaskan, antagonis kalsium seperti isoptin dapat ditambahkan. Jika efeknya masih tidak memuaskan, Dapsigargin dapat digunakan dalam kombinasi. Hindari penggunaan vasodilator, diuretik dosis tinggi, dopamin, dobutamin, norepinefrin, dan obat lain dalam pengobatan; tekanan darah rendah dapat ditingkatkan dengan menggunakan fenilefrin. Jika pengobatan obat tidak efektif, pengobatan ablasi alkohol bedah atau intervensi medis dapat dipertimbangkan. Prosedur pembedahan terutama untuk mengangkat jaringan miokard hipertrofi dan stenotik dari saluran keluar ventrikel kiri melalui sayatan aorta asendens untuk meringankan obstruksi saluran keluar ventrikel kiri. Tingkat keberhasilan kedua perawatan ini relatif tinggi, dan hasil jangka panjang pembedahan lebih baik, sementara tingkat komplikasi juga lebih rendah daripada perawatan intervensi. Oleh karena itu, pembedahan saat ini merupakan metode penanganan invasif yang lebih disukai secara internasional. Jika tidak ada metode di atas yang diinginkan, pemasangan alat pacu jantung dapat dicoba, meskipun kemanjurannya perlu diklarifikasi lebih lanjut. Akhirnya, penilaian risiko kematian jantung mendadak harus dilakukan terlepas dari apakah pasien bergejala atau tidak; jika hasil penilaian menunjukkan risiko tinggi kematian mendadak, defibrilator otomatis intrakorporeal (ICD) perlu dipertimbangkan.