Keratokonjungtivitis jamur adalah salah satu bentuk yang lebih serius, dan bahkan dengan pengobatan 15-27% pasien memiliki penyakit yang tidak terkendali, karena jamur sangat agresif dan dapat masuk ke ruang anterior dari kornea, membuat endoftalmitis lebih sulit dikendalikan. Obat antijamur saat ini kurang peka dan tidak dapat menembus dengan baik, dan obat antijamur itu sendiri memiliki efek toksik. Lesi kornea yang khas pada keratitis jamur dapat dilihat sebagai tesserae jamur, pseudopoda, fokus satelit, cincin imun, bintik-bintik endotel, nanah bilik anterior dan sebagainya. Nanah di ruang anterior 15-30% sebelum perforasi kornea, nanah memiliki miselium dan sebagian besar adalah nanah reaktif. Ketika nanah di ruang anterior hingga 90% dengan miselium jamur setelah perforasi kornea, endophthalmitis sulit dikendalikan, sehingga konjungtivitis jamur benar-benar menakutkan.