Penyebab karsinoma sel skuamosa saat ini belum diketahui dengan jelas, dan sebagian besar diyakini berkaitan dengan faktor fisik (misalnya cahaya, sinar), kimiawi (misalnya aflatoksin, nitrit), biologis (misalnya human papillomavirus, EBV), faktor keturunan, atau mutasi gen. Karsinoma sel skuamosa dapat terjadi di berbagai bagian tubuh, seperti kulit, paru-paru, kerongkongan, leher rahim, dll. Karsinoma sel skuamosa pada kulit sering kali berkaitan dengan paparan sinar matahari, karsinoma sel skuamosa pada paru-paru sering kali berkaitan dengan kebiasaan merokok dan polusi udara, karsinoma sel skuamosa pada kerongkongan sering kali berkaitan dengan mengonsumsi makanan yang terlalu panas atau mengandung nitrit yang tinggi, dsb. Karsinoma leher rahim sering kali berkaitan dengan infeksi virus papiloma manusia dan kelainan perilaku seksual. Selain faktor-faktor di atas, karsinoma serviks juga dapat berhubungan dengan faktor keturunan dan mutasi gen. Meskipun telah diketahui bahwa karsinoma sel skuamosa mungkin terkait dengan faktor-faktor di atas, penyebab yang mendasarinya masih belum jelas dan memerlukan eksplorasi dan penemuan medis. Pasien yang ditemukan dengan karsinoma sel skuamosa disarankan untuk berkonsultasi dengan rumah sakit tepat waktu dan menjalani pengobatan aktif di bawah bimbingan dokter untuk mendapatkan prognosis yang lebih baik.