Sebagian pasien dengan penyakit jantung bawaan dapat hidup dan bekerja seperti biasa setelah pembedahan. Status penyakit yang mendasari, jenis pembedahan dan waktu pembedahan merupakan faktor penting yang mempengaruhi. Gejala dan kualitas hidup anak-anak dengan penyakit jantung bawaan membaik secara signifikan setelah pembedahan dibandingkan sebelum pembedahan, dan sebelum terjadi gangguan fungsi jantung, perbaikan setelah pembedahan adalah signifikan. Pilihan pembedahan untuk penyakit jantung bawaan meliputi pembedahan radikal, pembedahan paliatif, dan transplantasi jantung. Pembedahan radikal memaksimalkan pemulihan struktur normal jantung pasien, dan bila komplikasi pasca operasi jarang terjadi, pasien dapat belajar dan bekerja seperti biasa. Pembedahan paliatif terutama memperbaiki gejala dan tidak dapat sepenuhnya membasmi penyebab penyakit, sehingga pasien ini mungkin tidak persis sama dengan orang normal setelah pembedahan, dan mungkin mengalami tingkat gejala yang berbeda. Transplantasi jantung terutama digunakan untuk penyakit jantung yang tidak dapat diobati dengan metode pembedahan saat ini, dan pasien mengalami lebih banyak komplikasi setelah operasi, dan kecil kemungkinannya akan sama persis dengan orang normal. Dianjurkan agar pasien dengan PJK harus segera mencari pertolongan medis dan perawatan sesuai dengan petunjuk dokter untuk meminimalkan risiko terkena penyakit ini.