Trimetoprim maleat memiliki berbagai efek samping seperti ketidaknyamanan saluran cerna, pusing, dan sakit kepala. Obat ini harus digunakan di bawah arahan dokter. Trimetoprim maleat adalah obat pengatur motilitas gastrointestinal oral yang diindikasikan untuk memperbaiki gejala seperti kehilangan nafsu makan, mual dan muntah, sakit perut dan diare yang disebabkan oleh disfungsi gastrointestinal. Berbagai efek samping dapat terjadi setelah mengonsumsi obat ini, seperti perut berbunyi, diare, sembelit, pusing, sakit kepala, ruam, rasa haus, dan mati rasa di dalam mulut. Namun, terjadinya efek samping ini bervariasi dari satu individu ke individu lainnya. Perlu dicatat bahwa obat ini dikontraindikasikan pada orang yang alergi, dan digunakan dengan hati-hati pada wanita hamil, wanita menyusui, anak-anak. Orang dengan ketidaknyamanan pencernaan harus menggunakan obat ini di bawah pengawasan dokter, dan jika efek samping terjadi setelah minum obat, perlu menghentikan obat tepat waktu dan mencari pertolongan medis.