Pepsinogen 1 yang rendah disebabkan oleh gangguan pencernaan, gastritis atrofi, dan kanker lambung. Pepsinogen 1 yang rendah mengindikasikan penurunan sekresi kelenjar lambung tubuh dan pencernaan makanan dapat terpengaruh sebagai akibatnya. Pertama, ketika tubuh menderita gangguan pencernaan, terdapat sekresi cairan pencernaan yang rendah dan penurunan motilitas lambung, yang dapat dideteksi selama pemeriksaan. Kedua, gastritis atrofi adalah suatu kondisi di mana kelenjar lambung secara bertahap mengalami atrofi, sehingga memengaruhi sekresi cairan pencernaan, yang juga dapat bermanifestasi sebagai rendahnya pepsinogen 1. Terakhir, kanker lambung adalah tumor ganas yang memengaruhi lingkungan lambung, yang mengakibatkan gejala seperti sakit perut dan kembung, serta berkurangnya sekresi cairan pencernaan, berkurangnya fungsi pencernaan, dan rendahnya pepsinogen 1.