Ultrasonografi polikistik dapat dilakukan melalui vagina atau perut, tempat tes adalah ovarium, tetapi rute tes berbeda dan kondisinya berbeda. Ultrasonografi abdomen dilakukan melalui perut, sedangkan ultrasonografi vagina dilakukan melalui vagina. USG perut biasanya mengharuskan pasien menahan kencing untuk mengisi kandung kemih agar dapat melihat ovarium dengan lebih baik, seperti pengisian kandung kemih yang kurang baik, atau lemak perut, dapat mempengaruhi hasil pemeriksaan; sedangkan USG vagina tidak perlu menahan kencing, dan tidak terpengaruh oleh lemak perut, tetapi ada peradangan akut pada vagina, perdarahan vagina, atau wanita yang tidak memiliki riwayat hubungan seksual umumnya tidak dapat dilakukan USG vagina. Pasien yang membutuhkan USG untuk kondisi polikistik disarankan untuk memeriksakan diri ke dokter secara teratur dan memutuskan USG mana yang harus dilakukan sesuai dengan kondisinya masing-masing setelah dievaluasi oleh dokter.