Hasil imunohistokimia dari chordoma membutuhkan antigen jaringan yang diekspresikan oleh spesimen untuk menentukan, umumnya Cyto-K6/7 EMA7/7, CEA6/7, GFAP0/7 yang positif menunjukkan kemungkinan besar terjadinya chordoma, dan kepositifan p53 dan PCNA sering menunjukkan risiko yang lebih tinggi untuk kambuh kembali. Chordoma berasal dari jaringan chordal residual embrionik, indeks imunohistokimia yang umum termasuk Cyto-K6/7 EMA7/7, CEA6/7, GFAP0/7, Des0/7, α-AT7/7, Lyso4/7, CK, S100, dll., dan kepositifan indeks ini menunjukkan bahwa chordoma memiliki kemungkinan yang tinggi. Selain itu, beberapa indikator khusus, seperti ukuran Ki-67, terkait dengan kemampuan proliferasi tumor, ekspresi p53 dan PCNA terkait dengan kambuhnya chordoma, dan Cath-D dan MMP-13 terkait dengan pertumbuhan invasif chordoma. Imunohistokimia chordoma bervariasi di rumah sakit yang berbeda, dan disarankan agar pasien pergi ke rumah sakit biasa dan ditentukan sesuai dengan hasil imunohistokimia tertentu.