Perbedaan antara anoskopi dan proktoskopi terutama terletak pada panjang cermin, struktur cermin, ruang lingkup pemeriksaan, tingkat anestesi dan persiapan pemeriksaan.
1. Panjang cermin: Panjang anoskop biasanya tidak lebih dari 10 cm, sedangkan proktoskop biasanya sekitar 20 cm.
2. Struktur cermin: Proktoskop harus dilengkapi dengan sumber cahaya, sedangkan anoskop tidak.
3. Cakupan pemeriksaan: anoskopi terutama digunakan untuk pemeriksaan lesi pada anus, saluran anus dan ujung rektum, sedangkan proktoskopi dapat memeriksa bagian yang lebih dalam dari lesi, seperti seluruh rektum.
4. Tingkat anestesi: anestesi lokal diperlukan sebelum pemeriksaan, tetapi tingkat anestesi untuk proktoskopi harus lebih berat daripada anoskopi.
5. Persiapan sebelum pemeriksaan: proktoskopi perlu melakukan persiapan usus, seperti enema bersih, tetapi anoskopi tidak perlu.
Klinis umumnya sesuai dengan kebutuhan kondisi spesifik pasien, untuk memeriksa penyakit dengan lebih baik, memilih jenis mikroskop tertentu, dan pada akhirnya mendengarkan saran dokter.