Kotak pengumpul tinja harus digunakan dengan terlebih dahulu memastikan bahwa tinja telah dikeringkan ke dalam kotak pengumpul luar, kemudian membuka sampel dalam tabung pengumpul dan mengambil spesimen tinja dengan ukuran yang sesuai ke dalam kotak pengumpul dan mengamankannya.
1. Buang tinja ke dalam kotak penampung. Letakkan kotak pengumpul tinja di atas toilet atau tempat jongkok dan pastikan tinja sudah terbentuk dan tidak tercampur dengan air seni dan darah.
2. Pengambilan sampel. Alat pengambil sampel harus dimasukkan secara vertikal ke dalam tinja dan jumlah tinja yang diambil harus cukup untuk mengisi alat pengambil sampel.
3. Memperbaiki sampler. Masukkan kembali sampler ke dalam kotak penampung tinja dan kencangkan agar tinja tidak bocor.
Saat menggunakan sampler, jika ada nanah atau darah di dalam tinja, tinja harus diambil dari tempat nanah dan darah, dan sarung tangan sekali pakai harus dipakai saat mengambil tinja untuk mencegah kontaminasi.