Dispepsia fungsional terutama disebabkan oleh disfungsi lambung dan duodenum.
1. Dyskinesia gastrointestinal: pengosongan lambung yang tertunda dan tidak berfungsinya koordinasi motorik.
2. Hipersensitivitas sensorik viseral: kapasitas sensorik lambung secara signifikan lebih rendah dari normal.
3. Penurunan fungsi diastolik fundus lambung untuk mentoleransi makanan: terutama dimanifestasikan sebagai rasa kenyang lebih awal.
4. Peningkatan sekresi asam lambung: sangat sensitif terhadap dilatasi dan rangsangan asam.
5. Faktor psikososial: sebagian besar disertai dengan berbagai tingkat kecemasan, depresi, insomnia, dan konsentrasi yang buruk.
Dispepsia fungsional biasanya merupakan sekelompok sindrom klinis tanpa penyakit organik, terutama dimanifestasikan oleh rasa kenyang, kenyang lebih awal, kurang nafsu makan, mual, biasanya menetap atau berulang, sebagian besar disebabkan oleh faktor psikogenik.